南京市秦淮区注销税务登记的程序主要包括以下几个步骤，以下为详细流程：
首先，办理人需要准备以下材料：
1. 纳税人填写并打印《税务登记注销申请表》；
2. 税务登记证正副本；
3. 企业营业执照副本；
4. 法人复印件；
5. 相关部门出具的注销证明文件。
接下来，按照以下步骤进行操作：
一、预约办理
办理人可在南京市税务局或APP上预约办理时间。
二、窗口提交
按照预约时间，办理人携带上述材料到秦淮区税务局窗口提交申请。税务工作人员会对材料进行审核，确认无误后，予以受理。
三、税务审核
税务局对提交的材料进行审核，如需补充材料，税务局会通知办理人。审核通过后，税务局将出具《税务登记注销证明》。
四、领取证明
办理人凭《税务登记注销证明》到相关部门办理企业注销手续。
五、公告注销
税务局在上公告注销税务登记信息，公告期为45天。
六、注销完成
公告期满后，税务局正式办理注销税务登记手续，企业税务登记正式失效。
整个流程大约需要1个月左右的时间，办理人需密切关注相关进度，确保注销手续顺利完成。
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